何がどのレベルで汚染しているとお考えでしょうか?
有機水銀等の特定化学物質はここ数十年厳しく規制されており、もはら日本国内に殆ど存在しない状況で、それで魚を汚染することはしたくてもできません。
また日本の公害防止法は強烈なので、日本近海の水質はどんどんキレイになってます。30~50年前とは違いますよ。
但し逆の見方をすると海外(特に中国)の一部の魚介類は、病気を防ぐために抗生物質漬けであることも事実です。毎日、何年間も食べ続けると問題かも知れませんが、たまに食べる程度なら無害ですよ。
もしそれが有毒なら風邪薬は飲めないはずなので・・・