よくいわれている、
ご苦労様は、もともと雇い主が使用人にかけるねぎらいの言葉ですが、
#だから絶対、従業員は管理職に対して使っちゃだめ。
一方、
お疲れ様は同輩同士のあいさつなのかなと。（自信なし）
同輩といっても、同期にとどまらず、従業員同士の範囲なら、
たとえば（他部署の）先輩後輩の間くらいまでなら使えると思うけど、
従業員が管理職に対して使うのは、まずいかなと。
で、従業員同士でも指揮系統に入っているときは、
指揮下にある者が指揮者につかうのはまずいと思う。
ちなみに、一般市民は、公務中の公務員（おまわりさんとか）に対して、
「ご苦労様です」
と声をかけてねぎらうのは、正しいです。むしろ礼儀です。
#いちおう、公務員の雇い主は、一般市民。
#そういうことを「公僕」ということばで表現します。
でも、おまわりさんに
我々一般人が「ご苦労様」といわれる筋合いはありません。
この言葉の使い分けの観点は
目上、目下ではなくて、使役関係だと思う。
===補足===
長々書いてしまいましたが、
要約すれば、
おつかれさまは、社内の従業員同士（仲間内）の間なら使えるという意味です。
お世話になっている社外の方に対してはもちろん、
社内でも目上の方に対して使うのは違和感あるというのが私の実感です。
#ありがとうございました。お世話になりました。お先に失礼いたします。でしょう。
