質問

Windowsのエクスプローラから「C:」をコピーするだけでは
コピーしないものが存在する(MBR:起動して最初に読み込むところ、など）ため
不十分です。

MBRなどを含めてディスク全体をバックアップするソフトがあります。
それを利用してHDD全体をバックアップする（イメージ化といいます）のがよいでしょう。
（バックアップから復元することをリカバリといいます）。

メーカーPCだと最初から専用ソフトが入っていることもあります
（上記キーワードをマニュアル等で検索してみると見つかるかもしれません）。

商用ソフトだと「TrueImage」というのが有名です。
フリーだと以下のようなソフトがあります（紹介記事です）。
http://gigazine.net/index.php?/news/comments/20090206_macrium_reflect_free_edition/

各種設定を終えた後にバックアップイメージを作成すれば
次回の再インストールはバックアップイメージからリカバリすれば
各種設定は不要になります（ソフトウェアのアクティベーションも含みます）。
再インストール直後だけでなく、随時バックアップを取っておけば、
不具合が生じたさいに直前のイメージからリカバリすることで復旧することも可能になります。

• 回答者：teltel (質問から2時間後)
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Cドライブのデータをすべてコピーしても、細かな設定（システムデータ）は戻りません。
専用ソフトを使って、Cドライブのデータ（システムデータ含む）をイメージとして保存すれば、そのデータから復元することは可能です。

パソコンの処理速度は長く使っていくうちに自然と遅くなってきます。ごみデータを削除して最適化や更新パッチの適用は基本です。ただし、これだけでは表面的な清掃だけなので根深くごみは残っています。ファイルクリーニングのソフトはフリーで転がっていますのでそれを試してみたり、特にレジストリは（注意が必要ですが）一度も清掃していない場合効果はかなりあります。

• 回答者：cappy (質問から5日後)
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標準添付なら
http://paso9.com/pc/pc13.html
がお手軽と思います。
ただし、全く起動出来ない場合には用心です。
関連参考は
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc422010.aspx

その他参考は
http://www1.ark-info-sys.co.jp/products/products_pc/hdbackup6/index.html
http://sme.fujitsu.com/solution/shunkai/
でしょうかね。

• 回答者：その他 (質問から4日後)
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XPの場合はその方法では出来ません。
HDDを交換してインストールしておくか、外部HDDにインストールしておけばできると思います。

• 回答者：匿名希望 (質問から2日後)
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ＯＳのインストールとセットアップが完了したＣドライブは単純なコピー操作では別のドライブにはコピー出来ません。
ＮｏｒｔｏｎＧｈｏｓｔあたりの専用のソフトを使ってイメージデータとして別のドライブに書き出しておけば、一発解消ということは出来ます。

• 回答者：ふぁるこん (質問から12時間後)
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自分はNortonGhostを使っています、お考えのことは間違いなくできます。まっさらな時、ある程度データの溜まったときなど、リカバリーの時期も適当に考えながらリカバリーディスクを作っておくと本当に楽ですよ。有償ですが(こんなところにケチってはいけない）それなりの使い勝手があります。メーカーのリカバリーも一時期これを使っていたほどです。
http://www.symantec.com/ja/jp/norton/ghost
一度ご覧ください(と言ってもここの回し者じゃないですよ）

• 回答者：ごーすけ (質問から11時間後)
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アプリケーションのインストール・アンインストールを繰り返すなど、余程の状態にならない限り、HDDやレジストリの掃除、デフラグを行っていれば、再インストールする必要はあまり無いかと思いますが・・・ま、それはおいといて。

単にコピーしただけではできません。
それは、Windowsを起動した状態でコピーできない部分があり、またコピーしておいた物を上書きできない部分があるためです。
これはドライブイメージなどのバックアップを行う事で可能になります。
これも、Windows標準のバックアップは出来ませんので別途用意が必要です。
有料物から、ユーザ登録のみで使用できる無料のこちらのような物など色々ありますので探してみましょう。
・Paragon Drive Backup（英語）
　http://www.paragon-software.com/home/db-express/?__utma=1.2647321886157285000.1245746680.1245746680.1245746680.1&__utmb=1.1.10.1245746680&__utmc=1&__utmx=-&__utmz=1.1245746680.1.1.utmcsr=paragon-software.com%7cutmccn=(referral)%7cutmcmd=referral%7cutmcct=/&__utmv=-&__utmk=131901071

ただ、あくまでもバックアップを行った時点に戻すだけですので、その時点で本当に利用したいアプリケーションかは別（良い物が新たに見つかったりリリースされたり）で、結局アンインストールやインストールを行い、設定を行わなければ行けない可能性があります。
そう言う方の場合は、復元ポイントを必ずアプリケーションのインストール前に行うか、サービスパック適用インストールCDを作成された方が良いと思います。
細かな設定をやり直す必要はありますが、こちらの方が自身にとって最適な環境への近道かと・・・。

• 回答者：あは (質問から5時間後)
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単にコピーしただけだとダメだと思いますよ。やったことないけど・・
それよりもAcronisTrueImageのようなシステムバックアップソフトを使って、OSインストール後のまっさらな状態のシステムをイメージバックアップしとくのがいいですよ。そのイメージから復元できますから。
私はそうしてます。

• 回答者：匿名希望 (質問から2時間後)
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その通りで、一発解消！となりますけれど、
単純コピーでは、ＯＳのシステム ファイルに中にはコピーできないもあるので、
バックアップ用のツールを使って、
イメージ コピー（イメージ バックアップ）として下さいね。
（セーフ モードのコマンド プロンプト を立ち上げて
　コピーする方法もなくはないですが・・・・）

また、ドライブＣ 以外のドライブ（ドライブＤなど）も、
一緒にイメージ バックアップする必要もあります。
（ドライブＤに、何もアプリをインストールしていなければ、不要ですけれど・・・）

• 回答者：タナ丸 (質問から2時間後)
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