条例で異性の風呂に入浴できるのは１０歳未満と決められていると聞いたことがあります。
従業員の場合もいくら業務と言っても問題になるのではないでしょうか。通常入浴時間に入る必要はあまり見あたりません。もし必要だとしても臨時にせいぜい一人か２人で十分で、恒常的に入る必要はないでしょう。
いわゆる「当局」（警察、保健所、その他の行政機関）から「指導」が入るような気がします。
===補足===
書き忘れておりましたが、入る職員は当然着衣です。それはさておき、
公衆浴場法
第三条 営業者は、公衆浴場について、換気、採光、照明、保温及び清潔その他入浴者の衛生及び「風紀」に必要な措置を講じなければならない。（かぎ括弧筆者）
２ 前項の措置の基準については、都道府県が条例で、これを定める。
同 第六条 都道府県知事は、必要があると認めるときは、営業者その他の関係者から必要な報告を求め、又は当該職員に公衆浴場に立ち入り、第二条第四項の規定により付した条件の遵守若しくは第三条第一項の規定による措置の実施の状況を検査させることができる。
風紀に必要な措置を講じているかどうか疑いがあると言うことで当該職員の立ち入り、検査、指導等が入ると考えました。
条例は各都道府県が決めるものですが、こういうことについては概ね一致してくるようです。調べた限りでは東京都には「公衆浴場の設置場所の配置及び衛生措置等の基準に関する条例」に、「十歳以上の男女を混浴させないこと。」（３条１項１１号）とありました。
この条例においては、職員かどうかは無関係に、混浴した時点で条例違反となります。
