理系は有利になります。大学によると思いますが、就職の希望(推薦)枠は決まっています。
この推薦枠を獲得する優先順位が、大学院生に優先的に割り当てられます。
それから、学部生時代の成績順位です。
また、企業も学部生よりも大学院生を獲得しようと、初任給の引き上げ率は、大学院生のほうが高めに設定されています。
大学院在学中は、学部生の授業アシスタントをするので、知識もより深まります。研究で画期的に差が広がるわけではないですが、大学院時代に色々な専門的なバイトを私はやったことが、今は財産になっていますよ。
私が理系だったため、文系や他の分野で同じかどうかは分かりません。