私がもし息子でしたら、両親がともに欠席、または、もし出席なら一緒か、父親だけ、を望むと思います。 母親1人だけ、というのは何だかとても恥ずかしいと思います。
ただ、通常、男の子はとりあえず嫌がるものかと思いますが、息子さんは未成年ですし、お父様(ご両親)が生活費・学費を負担する責任者ですから、息子さんの意見は参考程度でよいと思います。
お父様は何故悩んでおられるのでしょうか。 恐らく、父親が高校の入学式なんかに来るかー?というところだとお察ししますが、例えば、父親の出席はまれで、かつ、まわりの状況に合わせるのが流儀とおっしゃるのであれば欠席されればと思いますし、逆に、何か特別な思いがあるとか、息子の入学式くらいは父親が出席すべき、というお考えであれば、他人の事など気にせず、堂々と出席されたらよいと思います。 家庭によって主義や考え方が千差万別なのは当然と思います。
個人的には後者であって欲しいのですが、私がお薦めしたいのは、息子さんとは別々に学校に行って、ひっそりと出席し、声をかけることもなくそっとお帰りになってこられたらいかがでしょうか。 息子さんは恥ずかしがるかも知れませんが、大人になった時、お父さんが来てくれた、ということがきっと息子さんの心に残っているものだと思います。