どちらも不便を感じます。

「地下鉄」　駅も路線も多く一見便利なようですが、
駅はとんでもないと所にあったり、分かりづらかったり・・・・・
乗り換えも迷路のようになっているところが多い。

「JR」主要な街（新宿・渋谷等）の移動は便利ですが
駅が大きすぎて、直ぐそこに行きたいのに遠回り？

どちらかと言えば、それそれの考え方や価値観で
大きく変わってきそうですね。

回答者：匿二 (質問から17時間後)
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行く場所にもよりますが、営業で都内を廻っていたときは地下鉄を多用していました。

回答者：まんさく (質問から15時間後)
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JRのが便利だと思います
地下鉄のが路線は多いですが乗換が大変です

回答者：匿名 (質問から4時間後)
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地下鉄のほうが、駅がけっこうあって便利だと思います。

回答者：匿名 (質問から3時間後)
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23区内だったら地下鉄の方が便利だと思います。
それに、線にもよりますが地下鉄の方がＪＲより混んでない気がします。
座れる確率も高いかな。

回答者：匿名 (質問から3時間後)
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JRですね。
地下鉄は、駅でしか携帯の電波が入らないので不便です。
JRは少ししか地下を通らないので携帯はだいたい入ります。

回答者：匿名 (質問から3時間後)
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２３区内なら地下鉄です。路線が多いので近くまで行けます。
乗り換えも駅においてある路線図を見ればわかりやすいと思いますよ。

回答者：匿名 (質問から3時間後)
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場所にもよります。
東京の鉄道網はJR山手線を中心として、
そこから放射状に延びる路線は地下鉄や大手私鉄の路線の方が充実していますが
JRのみ通っている場所、地下鉄のみ通っている場所は、それを使う以外ありません。

運賃面で言うと、初乗り料金はJRのほうが安いですが、
営業キロごとに加算されていく料金は距離が伸びるほどJRのほうが高くなっていきます。

地下鉄は、東京メトロと東京都交通局（都営地下鉄）の２系統からなり、
別会社なので初乗り運賃にも違いがあります。
また、切符を買って乗車する際、
東京メトロの切符では都営地下鉄に乗ることができず、逆もまたできません。

参考までに、競合する線区での運賃の比較をしてみると
渋谷～池袋間はJR（\１６０）、東京メトロ（￥１９０）
池袋～新木場間はJR（￥２９０）、東京メトロ（￥２３０）
北千住～荻窪間はJR(￥３８０）、東京メトロ（￥２７０）
と、距離が伸びるほど、東京メトロの方に割安感が出ます。

出発駅からの運賃を一発検索できるページがありますので、載せておきます。
駅名をクリックすると目的地までの運賃がズラッと出てきます。

東京近郊JR

http://ryokou.gozaru.jp/22240.html

東京メトロ

http://ryokou.gozaru.jp/22240metro.html

回答者：乗るなら早くしろ。でなければ、帰れ！ (質問から2時間後)
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東京は、ＪＲでよく事故が相次ぐと地下鉄がよく振り替えになりますよね。
地下鉄は都営より、メトロのほうが便利です。
運賃はＪＲより、地下鉄の方が安価になる場合があります。
地下鉄だと、土休日の回数券が１４枚！便利です。
１日券も地下鉄でよく利用します。
もちろん目的によっての便利さの差違はりますが、
地下鉄は安金短。（区間によって『遊び用』）ＪＲは案勤単（通勤利用主『通勤用』）と使い分けしてます。（都区内行動パターン）

回答者：匿名 (質問から2時間後)
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目的地によってだと思います。
JRの方が景色を見ながら移動できるのでいいです。
ほとんど鉄道網が発達しているので、
JRから地下鉄に乗り換えての移動もできますので、
目的地によってルートを決定した方がいいと思います。
時間帯によって混雑の具合も変わってきます。

回答者：あさやけ (質問から2時間後)
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出発地と目的地によりけりです
例えば新橋-渋谷を移動するのに山手線で1/3周するより銀座線で最短距離に近いルートでいく方が便利です
また、朝夕は快速運転がある都営新宿線の方が新宿-市谷-元八幡を総武緩行線でいくより遥かに早く便利です
逆に日中なら快速運転する京浜東北の方が同じ上野-新橋を平行する銀座線に乗るより早いので便利な場合もあり、要はケースバイケースです

回答者：匿名 (質問から60分後)
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なれると地下鉄が便利ですね。

回答者：匿名希望 (質問から48分後)
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場所にもよりますが、

地下鉄の方が安いし、

比較的近い場所の移動には地下鉄が便利だと思います。

回答者：qwert (質問から44分後)
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場所によりますけど・・・
長い距離のるなら地下鉄の方が安いと思います。
数駅程度ならJRだと思います。
大阪のように「JRより地下鉄」って程分かれてはいないと思います。

東京だと、京王線、小田急線、西武線など私鉄も充実しております。

回答者：指 (質問から37分後)
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場所により異なりますね

また駅名が違っていても乗り換え出来る駅もありますので要注意です
（地下鉄：永田町と赤坂見附、馬喰町と馬喰横山と東日本橋など）

逆に同じような名前がついていても乗換えが遠いところもありますし
（ＪＲ両国と地下鉄両国　歩いて７-８分かかります）

事前に調べてからお出かけすることをオススメします

回答者：匿名希望 (質問から17分後)
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千代田区、中央区、港区、新宿区、目黒区、台東区、江東区辺りは地下鉄が便利。
ですが、渋谷区、世田谷区、品川区、中野区、板橋区、葛飾区、などはＪＲと私鉄（小田急、東武、京王、京成など）を組み合わせるのが便利。
足立区は一部分東武が走っているだけで不便。
２３区外はＪＲが便利。
つまりは、東京とは言っても地域によって全然違います。