専用ブラシを使う水筒の底まで届くといったら、やはりブラシを使うのが一番いいでしょう。スポンジのもの、ナイロンブラシのものなど、様々なタイプがありますが、プラスチックの水筒でしたらナイロンブラシで洗うと内側に傷がついてしまい、汚れが蓄積しやすくなります。できればスポンジブラシがいいでしょう。水筒の専用ブラシをわざわざ用意しなくても、グラス洗い用ブラシを代用しても全く問題ありません。
100円ショップに行くと、代用できそうなものが数多くありますので、探してみるのもいいかもしれませんね。丸洗い不可になっている水筒だと、中だけを洗い、外側を濡らさないように必死になっている人もいるようですが、多少濡れたくらいでは問題ありませんので、ブラシを使って上手に洗ってみましょう。