北海道生まれで，道内くまなく転勤して歩いた経験があります．
最優先事項を考えてください．
２泊３日の行程ですか？
新千歳着，女満別発の予定ですか？
富良野観光をすることですか？
もしこれらの全てを満たそうとするなら，
観光地を見学するのにかける時間は
かなり短くなってしまいます．
北海道旅行というよりは 北海道ドライブになってしまいかねません．
（お車が好きで，それこそがいい，とおっしゃるなら話は別ですが）
９月の北海道は，正直，６，７月と並んで
どこへ行っても見応えがあるので，
欲張らずに狭い範囲でターゲットを絞った方が
初めての北海道旅行には向いていると思います．
例えば富良野を最優先するなら，新千歳発着か，
新千歳着，旭川発にする案があります．
２泊であれば 見たいところを決めた上で宿をとり，
長い距離を走るより近場に集まっている観光地を廻った方が
体力的にも楽ですし，ひとつの観光地を堪能できます．
具体的にいえば，新千歳からレンタカーを借りて
富良野へ直行し，富良野，美瑛の自然を楽しんで，
「北の国から」がお好きであれば ロケ地を廻る．
そのまま富良野に泊まってもいいですし，
旭川まで走ってホテルに泊まってもいいでしょう．
２日目には 旭山動物園を時間をかけて廻っても飽きませんし，
９月はお客さんも多いですが 行って損はしないところだと思います．
旭川を出て，新千歳空港へ向かうなら
２泊目は札幌にホテルをとって札幌方面に向かい，
札幌観光を楽しんで宿泊，
最後の日は時間が許す限り小樽観光を楽しんで
新千歳空港からお帰りになるという行程がいいかも知れません．
帰りの飛行機の時間によりますが，
最終日に支笏湖，洞爺湖まで廻るのは無理があると思います．
もし旭川空港からお帰りになるのであれば，
２泊目は旭川か，層雲峡に宿をとって
最終日は石北峠などの雄大な自然を楽しまれ，
または旭岳にいってロープーウエイにのり，
秋の大雪山の眺めを満喫してから
旭川空港にレンタカーを乗り捨てできるプランを
考えられてはいかがでしょうか．
正直，この日程は道に迷わずに廻ることを前提にしたもので，
富良野を中心に考えさせて頂きましたが，
これでも運転し続けはお身体に無理がかかると思います．
北海道は本当に移動距離が長いので，
休み休みいきませんと疲れるだけの旅行になってしまうと思います．
もしおっしゃるとおりの行程を果たそうとするなら，
観光地としては富良野と石北峠しか
名勝地は楽しめないと思います．
女満別空港は飛行機の本数が新千歳に比べて格段に少ないですから，
時間の制約はありますし，
石北峠を越えたあとの女満別までの道のりは
景色はいいものの，長いですよ，本当に．
釧路周りで摩周湖，屈斜路湖を御覧になるプランを提案していた方が
いらっしゃいましたが，
こちらの方が移動距離が長くなりますので，
もっと大変だと思います．
相談者様のおっしゃる行程自体がお薦めできないのが正直な感想です．
９月に北海道旅行というお考えはとてもいいと思います．
１０月にはいると，峠では雪が降りますから．
札幌や小樽，富良野だけを廻るにしても，
本州の方にはかなり寒いと思います．
他の方のアドバイスにもありますように，
９月でも上着は１枚用意してください．
北海道の見所は数限りなくありますので，
道産子としては 一箇所一箇所をじっくり堪能して
また今度は他のところを見てみたい，と感じられて
帰路について欲しいのが心情です．
もう一度，ご自分にとって譲れない要素を絞って，
旅程をお考えになってはどうでしょうか．
弟が観光地で病院に勤めていますが，
予定をぎゅうぎゅうに詰め込んだツアーで体調を崩して
病院にいらっしゃる旅行中の患者さんは
大変多いそうです．
また，発着の空港が同じ行程の方が
旅行会社によっては 出張プランなどでお安くチケットを
購入できる場合があるということも書き添えます．
たくさん脅かすようなことを書きましたが，
いい北海道観光をしていただきたい気持ちから
北海道の実際の様子をお知らせさせていただきました．
長文，申し訳ございません．
