紹介者がいるのでしたら、紹介者を通して断るのが、
一番角がたたないいい方法だと思います。
紹介者の方も、心得たもので、良い具合に話してくださるはずです。
saiさんの気持ちを伝えるのは、相手のことを思いやるというよりも、
saiさんの気が済むだけではないでしょうか。
特に、メールというのは、一方的に伝えるだけの伝達手段ですので、
どうしても丁寧に、ということであれば、会って話すのが礼儀でしょう。
ただ断る用事であれば、自分を断る相手に会う時間を割かねばならないことは、
迷惑にならないか、ということも検討しなければなりません。
3回会っただけの付き合いであれば、そんなに深刻に考えなくても良いのでは?
とも思いますし、
紹介者からの断りだけで良いのではないでしょうか?