スーパーの食品売り場経験者です。
ご質問のケースの真相はどうだかわかりませんが、経験談としては・・・
精肉のようにパックにラップを掛けた包装の物だと、
貼るべき値札を間違っても、ラップに直接貼ったシールを剥がすとラップが破れてしまうので、その上に正しいシールを貼ることがありました。
一旦割引率を高くしたものを下げたのか!?なんて誤解を招かない為にも、
ラップしなおして正しい物を貼った方が良いのかもしれませんが、
そうすると大元の値札ラベル(に表示されている賞味期限とか)をどうする?
という問題もあったりして、ややこしいことになる場合もあるんですよね(^^;
なので、とりあえず上から貼っただけで、損したとかじゃない、と思うんですが。
ついでに、ご質問のケースなら、
気づいた時に問い合わせれば、割引率の差額分は返金してくれるお店もありそうですけど。